Scripts

Los scripts son archivos que contienen comandos de UNIX o programas. Los programas de GCG pueden ser ejecutados utilizando un script de tal manera que es posible hacer exactamente lo mismo que si se corriera el programa de manera interactiva.

Las ventajas de utilizar scripts para los programas del GCG consiste principalmente en:

A continuación se presentan los pasos a seguir para hacer un script para una concha del tipo csh:

1.- Crear un archivo con cualquier nombre que sea fácilmente entendido por el usuario. Ej:

string.csh

#!/bin/csh -f
# stringsearch.csh
# Es una script para correr el programa STRINGSEARCH
#
set noglob
stringsearch -INfile=GenEMBL:* -STRings="$argv[1]" -Default
#

En el ejemplo de arriba al correr el script se hace una búsqueda en las bases de datos GenBank e EMBL del término especificado cuando se ejecuta el comando (la variable"$argv[1]" toma el valor del término) y el resto de los parámetros del programa, son los especificados por omisión.

3.- Es preciso evitar dejar líneas en blanco en el archivo del script, ya que esto puede crear errores. Es útil colocar comentarios explicativos sobre la función del programa, no sólo para el usuario que lo hace; sino también para otras personas.

4.- Es necesario dar permiso de ejecución al script hecho, para que pueda ser utilizado.

5.- Para correr el programa, siguiendo el ejemplo, debe escribirse:

%./string.csh kinasa

Al escribir esto, el término "kinasa" será el buscado en las bases de datos.