Ejecute RasMol, en el Menú File, dé la opción Open
seleccione el archivo PDB 13PK.pdb.
¿Cuántas cadenas posee la molécula?
M Display - Backbone; M Colour - Chain
M Display - Cartoons
En cualquier momento usted puede restringir la visualización a
una o varias cadenas del archivo PDB. Para identificar las cadenas debe
hacer click sobre los átomos y obtener su identificación
ID.
Por ejemplo para ocultar todas las cadenas excepto la B y D, use el comando
restrict :b or :d .
Para restablecer la visualización de todas las cadenas.
M Edit, Select all
Si prefiere trabajar sólo con una parte del archivo PDB puede ser
útil hacer una copia del archivo PDB sólo con los segmentos
de su interés. Para hacerlo debe seleccionar los átomos,
cadenas, residuos o ligandos en RasMol con el comando "select"
y luego guardar el nuevo pdb con el comando:
Save nuevo.pdb
Abra entonces el nuevo PDB en el menú File - Open,. tenga en cuenta
que en RasMol sólo puede cargar una molécula a la vez, por
ello debe cerrar el PDB inicial.
¿Hay algún Ligando en la molécula?
select hetero; M Display - Spacefill; M Colour - CPK
Haga click sobre las moléculas hetero para obtener el código
de residuo ID de tres letras. En algunos archivos PDB puede encontrarse
información sobre los ligandos presentes, utilice un editor de
texto normal como Word o el Bloc de Notas para abrir el archivo.
En algunas ocasiones la visualización del archivo puede ser obstruida
por los átomos de oxígeno de las moléculas de agua
asociadas al cristal de la proteína (Recuerde que los hidrógenos
no son resueltos por Difracción de Rayos X). La mayoría
de estas moléculas de agua se difunden aleatoriamente en el cristal
haciendo que la representación de la molécula sea confusa.
Por ello es conveniente restringir la visualización a los átomos
que hacen parte de la proteína, usando el comando:
restrict not water .
¿Cuál es la Estructura Secundaria?
M Display - Cartoon; M Colour - Structure
El esquema de RasMol Color Structure, asigna color según la estructura
secundaría. Así, las alfa hélices aparecen magenta,
las hojas beta en amarillo, los segmentos turn en azul y el resto de la
proteína en blanco.
Algunos archivos PDB tienen registros para la estructura secundaría
de la proteína denominados HELIX y SHEET, si esto ocurre RasMol
obedece estos segmentos, pero si el archivo PDB no específica la
estructura secundaría, el comando "structure" lo obliga
a determinarla mediante la utilización de algoritmos apropiados.
¿Dónde se encuentran los extremos N y C-Terminal?
M Colour - Group.
La representación en "Backbone" es la más apropiada
para este numeral. Con el esquema de Colores Group
cada cadena es coloreada desde el extremo azul, cambiando en el orden
de los colores del arco iris, al verde, amarillo y naranja hasta rojo
en su otro extremo. Si la molécula se observa en azul use la opción:
M Options - Hetero atoms
Desactive la visualización de los heteroátomos, luego nuevamente
M Colour - Group.
Rasmol>restrict :b
Aquí una forma mnemotécnica para recordar el significado
de la escala de colores en el esquema Colour Group
Blue = cold = old (N terminal de la proteína, extremo 5' del ácido
nucléico)
Red = hot = new (C terminal de la proteína, extremo 5' del ácido
nucléico)
El extremo Amino Terminal tiene el color CPK azul del nitrógeno
y el extremo Carbóxilo Terminal tiene el color CPK rojo del oxígeno.
¿Dónde están las cadenas laterales de los residuos
hidrofóbicos?
1AOS.pdb
M Edit - Select All; M Display - Spacefill
select protein; color [180,180,180]
select protein and backbone; color [100,0,100]
select protein and not (backbone or hydrophobic); color magenta
El comando "color" puede utilizarse especificando el color deseado
con el nombre en inglés o con el código RGB, que consiste
en una combinación de valores numéricos, en escala del 0
al 255, de los colores, rojo, verde y azul. De esta forma pueden combinarse
los valores para obtener una gama de 256 colores.
Para completar su visualización , puede usar
select not protein; color greenblue
A los átomos que conforman el "Backbone" o el eje de
la proteína usualmente se les asigna un color magenta oscuro indicando
que son débilmente hidrofóbicos. Los grupos R de los aminoácidos
hidrofóbicos son grises para indicar su alto contenido de carbono.
Los grupos R de los residuos cargados y/o polares se muestran en magenta
brillante indicando su naturaleza hidrofílica. El magenta es usado
para representar un mezcla de partes iguales de rojo y azul (según
la carga, rojo para O=positivo y azul=N negativo).
Los largos segmentos de cadenas laterales hidrofóbicas en la superficie
de una proteína, indican que estas regiones pueden hacer contacto
con moléculas diferentes al agua, como por ejemplo en la interacción
de subunidades de una proteína multimérica o proteínas
que están unidas o rodeadas por lípidos.
¿Dónde están los Puentes Disulfuro?
1fsc.pdb
M Display - Wireframe; ssbonds 0.8
Los puentes disulfuro se visualizan ahora como cilindros con un radio
de 0.8 Angstróms. El color de la representación puede cambiarse
con los comandos:
color ssbonds yellow.
La primera vez que se usa el comando se reporta el número de puentes
disulfuro de la molécula: si no se observa ninguno posiblemente
se debe a que en la región seleccionada no se encuentra ninguno
de los residuos de Cisteina. La solución es entonces :
M Edit - Select All .
M Display - Backbone; M Colour - Chain
Ahora sólo se observan los carbonos alfa en los residuos de Cisteínas
que forman puentes disulfuro. Los puentes de disulfuro, por defecto se
trazan entre los átomos de azufre, y estos no se observan con la
representación en Backbone, para evitar que los puentes se observen
flotando entre las cadenas de proteína y observarlos desde el eje
de la molécula:
set ssbonds backbone.
¿Dónde están los Puentes de Hidrógeno?
1BHM.pdb
M Edit - Select All; M Display - Backbone; M Colour - Structure
restrict helix; backbone 0; hbonds 0.5; color hbonds white
RasMol mostrará solo los puentes de hidrógeno entre los
átomos del enlace peptídico, omitiendo los que se forman
entre las cadenas laterales, los ligandos , los sitios de unión,
etc. al igual que los puentes disulfuro, los de hidrógeno se representan
flotando entre los ejes "backbone" de la proteína, pero
pueden trazarse desde los carbonos alfa de cada residuo con el comando
set ssbonds backbone
ssbonds off
Ahora repita la secuencia anterior de comandos pero reemplazando la restricción
de las hélices por la de las hojas beta, use por ejemplo
restrict sheet como también
restrict not (helix or sheet).
¿Dónde están los Puentes Intercatenarios? Los puentes
entre Ligando-Proteína?
Para encontrar los puentes de hidrógeno entre motivos estructurales,
debe usarse el comando "within" como se hizo en el ejemplo del
archivo 1d66.pdb. Un puente de hidrógeno
tiene una longitud de 3.0 Angstróms entre los átomos donor
y aceptor por ejemplo N y O, tomando en cuenta 1.0 angstróm del
enlace covalente del hidrógeno y 2.0 angstrom del puente de hidrógeno.
Entonces una distancia de 3.0 ó 3.2 angstróms es apropiada
para el comando "within". Los puentes hidrófóbicos
(carbono) tienden a ser más largos, hasta de 4.0 Angstróms.
|
