LAMARC: Likelihood Analysis
with Metropolis Algorithm using Random Coalescence
LAMARC: Likelihood Analysis
with Metropolis Algorithm using Random CoalescenceLamarc es un programa para hacer análisis de similitud con el algoritmo Metrópolis que utiliza coalescencia aleatoria . Es un paquete que calcula parámetros poblacionales, tales como tamaño efectivo de la población, tasa de crecimiento exponencial, tasa de recombinación y tasa de migraciones pasadas para una o n poblaciones. Utiliza un modelo de matriz de migración con tasas de migración asimétricas y distintos tamaños de subpoblaciones. Esta versión puede utilizar datos de secuencias de ADN o ARN, SNPs o microsatélites. El programa puede obtener: estimaciones de la tasa de recombinación, tasas de migración entre cada par de la población, tamaños de las poblaciones (asumiendo tasas de mutación constantes entre loci), tasas de crecimiento poblacional exponenciales, tablas de perfiles de similitud, y percentiles. Si Ud. sabe que no hay recombinación en sus datos (p. e. ADNmt), puede utlizar otros programas como Fluctuate o Migrate.
Los métodos utilizados por estos programas siguen lo planteado en la Teoría de Coalescencia de Kingman (1982a, b). Los métodos usan una técnica que localiza el muestreo en regiones que contribuyen al resultado final (Metropolis, Monte Carlo).
Maneja datos moleculares
Está constituído por cuatro programas:
Coalesce estima el tamaño efectivo de una sola población constante usando secuencias no recombinantes.
Fluctuate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de crecimiento exponencial para una sola población, utilizando secuencias no recombinantes.
Migrate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de migración en poblaciones constantes, usando secuencias no recombinantes, datos de microsatélites o datos electroforéticos de enzimas.
Recombine estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de recombinación por sitio de una sola población de tamaño constante.
En la página principal del software pueden conseguirse todos los diferentes programas del paquete y las documentaciones pertinentes.
Documentación de Lamrc.
La versión actual del programa es la 1.2.2., y está diponible el código fuente o los ejecutables para: Linux (intel), Mac OS 9, y Windows
Los demás programas se pueden descargar aquí:
Coalesce:
Código fuente para Unix
Fluctuate:
Código fuente y documentación para Linux
Código fuente (binarios) y documentación para Linux
Archivo de binarios y documentación autoextraible para Windows 95/98/NT/2000/XP
Migrate:
Código fuente para Linux
Archivo precompilado para Mac OSX
Archivo precompilado para Windows
Recombine:
Código fuente (binarios) y documentación para Linux
Archivo de binarios y documentación autoextraible para Windows
Para poder utilizar los programas del paquete es necesario tener cuenta en CeCalCULA y luego, deben seguirse los siguientes pasos:
Hacer una
conexión vía ssh a cualquier nodo de
hydra.cecalc.ula.ve o chama.cecalc.ula.ve (recuerde solicitar cuenta
especial para esta última) Para establecer dicha conexión
debe escribirse lo siguiente:
%>
ssh hydra1.cecalc.ula.ve -l usuario
o
también,
%>
ssh chama.cecalc.ula.ve -l usuario
Colocarse en el subdirectorio donde se encuentran los archivos texto con los datos de entrada que se desean analizar (cómo cambiarse de directorio).
Activar el programa de interés escribiendo, por ejemplo:
%> coalesce
donde "%>" indica el prompt de la línea de comandos del sistema.
Para preguntas puede contactarse a José D. Rosales joser@cecalc.ula.ve
Los
autores de los programas son:
Mary
K. Kuhner
Jon Yamato
mkkuhner@genetics.washington.edu
Peter Beerli
beerli@genetics.washington.edu
Joe Felsenstein
Department
of Genetics,
University of
Washington,
Box 357360, Seattle, WA
98195-7360, USA.
Teléfono:
(206) 543-8751, fax: (206) 543-0754
Última modificación realizada por Natalia Pietrosemoli: 15/04/2005. 16:41 pm