Perfil y estructura del alineamiento

Esta opción depliega un menú de parámetros que controlan:
1) El perfil de alineamiento (archivo de alineamiento ya existente). Aquí es posible guardar alineamientos y agregarles nuevas secuencias. Uno o ambos conjuntos de secuencias utilizados puede incluir las penalizaciones de gaps o las asignaciones de estructura secundaria, para guiar el alineamiento.

Para especificar lo anterior se usan los items 1 y 2 del sub-menú desplegado. La opción 3 alineará los 2 perfiles; mientras que la 4, toma las secuencias del segundo perfil y la alinea con las del primero. Esto último es útil para agregar nuevas secuencias al alineamiento existente o para alinear grupos de secuencias con una estructura conocida.

2) Opciones de estructura secundaria: el item 0 del menú en cuestión permite acceder a los parámetros de estructura secundaria, por lo que si ésta es conocida, el alineamiento puede ser guiado colocando penalizaciones a la apertura de gaps dentro de los elementos de estructura secundaria, de tal manera que aquellos sean insertados preferiblemente en regiones con loops de superficie sin estructura.

El parámetro de gap penalty mask es una serie de números entre 1 y 9, uno por cada posición en el alineamiento. Cada número especifica cuánta penalización se desea colocar para la apertura de un gap en cada posición (esto es multiplicar el número por el valor de penalización para apertura de gaps).




        
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